Posljednja narudžba započinje kada nanotehnologija Desty Nove oživi Alitu u plutajućem gradu Tiphares. Crne tajne grada su zlobno izložene, ali čini se da je to mali dio svijeta koji je kompliciran. Odlazeći u svemir sa starim i novim kompanijama kako bi saznala više o svojoj zaboravljenoj prošlosti, a jednako tako i tražila svog izgubljenog druga Lou Collinsa, Alita je zahvaćena međuplanetarnom bitkom između glavnih sila solarnog sistema koji je bio koloniziran. Usput, ona uspostavlja savez s tri replike Alite koje su sada počele vjerovati same za sebe, neslani superhaker i sama Nova kad uđe na Zenith of Things Tournament (ZOTT), borbeno natjecanje koje se održava svakih 10 godina. Uključujući način na koji se Zemlja pojavila iz kataklizmične zime koja je zbrisala većinu javnosti tokom cijele pripovijesti, prikazano je više istorije u vezi s postavljanjem Bitke Angel Anita koja nije otkrivena u prethodnom nizu.
