Ova se manga odvija u školi u kojoj su učenici bazirani na poznatim šogunima iz japanske istorije. Sengoku Gakuen nekada je bio poput normalne škole, ali Oda Nobunaga, predsjednik učenika, svrgnuo je učitelje i praktički ih učinio nemoćnima. Izgradio je školu za studente, za studente i od strane učenika. Nobunaga je na kraju diplomirao i prepustio Hideyoshiju dužnost kao predsjedniku studenta. Međutim, Hideyoshi ubrzo napušta školu kako bi pomogao Nobunagi da vlada Japanom dok je vladao Sengokuom Gakuenom.
Priča se ovdje pojavljuje jer se vodi bitka između Ishide Mitsunari, čvrstog i konzervativnog, a ipak marljivog dječaka i Tokugawe Ieyasu, privremenog predsjednika škole koji ima puno sljedbenika, koji se bore za mjesto predsjednika škole. Takođe vidimo i druge poznate ličnosti kao kolege studente kao što je Ootani Yoshitsugu koji odano prati Mitsunarija i Oichi, mlađu sestru Nobunage. Ko će osvojiti mjesto predsjednika studentskog tijela i preuzeti komandu nad školom?
